मार्च 2019 में, एनआईए स्पेशल कोर्ट, पंचकुला ने 2007 के समझौता ब्लास्ट केस में फैसला सुनाया, जिसमें 67 मारे गए और 13 यात्री घायल हुए, जिनमें ज्यादातर पाकिस्तानी नागरिक थे, जो पानीपत के पास अटारी एक्सप्रेस में सवार थे। समझौता धमाकों को अजमेर और मक्का मस्जिद विस्फोट मामलों जैसे मुस्लिम आबादी वाले क्षेत्रों और पूजा स्थलों के मुस्लिम स्थानों पर कथित हिंदुत्व आतंकवादी हमलों की एक श्रृंखला के हिस्से के रूप में उजागर किया गया था। समझौता धमाके के लिए स्वामी असीमानंद, रामचंद्र कलसांगरा, संदीप डांगे, लोकेश शर्मा, कमल चौहान, राजेंद्र चौधरी और अमित हक्ला, सभी अलग-अलग हिंदूवादी आतंकी संगठनों से जुड़े थे। उन पर आईपीसी के तहत देशद्रोह, आपराधिक साजिश आदि से संबंधित प्रावधानों के तहत और गैरकानूनी और आतंकवादी गतिविधि के लिए यूएपीए के तहत भी धनराशि, षड्यंत्र, बढ़ा हुआ दंड, अन्य कानूनों के तहत आरोप लगाए गए थे। करनाल रेलवे पुलिस और एक विशेष जांच दल (एसआईटी) द्वारा लश्कर और सिमी के संबंध में तीन साल की जांच के बाद, 2010 में यह मामला राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) को स्थानांतरित कर दिया गया था जब महाराष्ट्र एटीएस की जांच मालेगांव धमाकों में इसी आतंकी संगठन के लिंक को विस्तृत किया था।
हमले के बारह साल बाद, एनआईए स्पेशल कोर्ट ने मामले के सभी आरोपियों को बरी कर दिया। 20 मार्च 2019 को दिए गए अपने फैसले में, एनआईए के विशेष न्यायाधीश ने "गहरी पीड़ा और गुस्से के साथ" एनआईए की भूमिका को कठोरता से इंगित किया है [कि] हिंसा का एक घृणित कार्य विश्वसनीय और स्वीकार्य सबूत के लिए अप्रभावित रहा। अभियोजन पक्ष के साक्ष्यों में गैपिंग छेद हैं और आतंकवाद का एक अधिनियम अनसुलझा है।" PUDR अभियोजन मामले और साक्ष्य के गहन विश्लेषण के माध्यम से निर्णय में सुनाई गई, एनआईए द्वारा जांच और साक्ष्य के दुरुपयोग पर ध्यान दिलाता है। एक पक्षपातपूर्ण जांच, गवाह के लिए सुरक्षा की कमी, अभियुक्तों को अपराध से जोड़ने के लिए मुख्य सबूतों की अनुपस्थिति, चार्जशीट दायर करने के लिए एनआईए की अस्पष्ट तेजी, और जांच एजेंसियों के समय का महत्वपूर्ण नुकसान ब्लास्ट के बाद के शुरुआती सालों में हिंदू आतंकी संगठनों की अनदेखी। रिपोर्ट इस बात की छानबीन करती है कि एनआईए ने मामले की जांच कैसे की, रिपोर्ट परीक्षण के लिए लाई गई सभी अभियुक्तों को बरी करने में, कानून के तहत असाधारण शक्तियों का आनंद लेने वाली प्रमुख जांच एजेंसी की भूमिका पर सवाल उठाती है।
जब अभियुक्तों को अन्य मामलों जैसे कि मक्का मस्जिद, मालेगाँव, अजमेर शरीफ आदि को बरी कर दिया जाता है, जमानत पर रिहा कर दिया जाता है, और संसद के लिए निर्वाचित किया जाता है - यह रिपोर्ट NIA और अन्य जांच एजेंसियों द्वारा हिंदुत्व आतंक के उपचार की जांच करने वाली श्रृंखला में पहली है ।
